Sencillo no siempre has usado siempre las mismas 2 baterías, por eso normalmente digamos que 2 baterías se casan, que siempre se usan las mismas 2 baterías en ese mod, o cualquier otro mod dual, pero siempre la misma pareja de baterías o pasa eso que dices tu.
Normalmente suele pasar por usar una batería mas cargada que la otra, con el tiempo y unas cuantas recargas se soluciona solo, pero si molesta de mientras, pero ya sabes siempre el mismo juego de baterías, asín no te volverá a pasar, por que lo que ha pasado es que seguramente le cambiantes 1 sola batería en vez de las 2 por ahorrar tiempo y lo que pasa, que ya no están equilibradas, yo como tengo mecánico lo solucione dejando secas las 2 baterías y cargándolas a la par, pero si no es tu caso ya te digo en unos días volverá a estar equilibradas las 2 baterías, o ese fue mi caso, el poco tiempo que use un electrónico.