Hombre, no creo que sea una prioridad. Pero en fin, hagamos política ficción. En principio la TPD aplica a todos los países de la unión europea, y es de prever que la república catalana dejaría de formar parte en un primer momento (el reino de españa probablemente también, porque se le haría muy difícil cumplir con sus compromisos. Pero ese es otro tema). Si más adelante la unión europea aceptara a la república catalana como miembro, tendría que acatar sus leyes, así que la TPD entraría en vigor.
Dicho esto, en un escenario como el planteado, tampoco es una locura pensar que la república catalana llegase a ciertos acuerdos con la unión. En ese caso, la unión le obligaría a acatar algunas de sus normas. Dudo mucho de que esos hipotéticos acuerdos incluyan ninguna norma sanitaria, pero quien sabe.
En definitiva, si se constituye la república catalana, en un primer momento la TPD no le aplicaría (salvo que se mantuviera dentro de la unión europea, lo cual es francamente improbable). Más adelante estaría por ver.
Y ya como opinión un poco alejada del tema, a corto plazo es muy improbable que la independencia de Catalunya se haga efectiva. Llegará el día en que la república catalana sea una realidad política. Más pronto que tarde si el estado español continúa cometiendo errores más propios del siglo XIX que del XXI. No olvidemos que hace 10 años el independentismo sumaba poco más del 13% de la población . Hoy en día tiene mayoría absoluta en el parlamento de la generalitat, y sigue subiendo. Algo está haciendo muy mal el estado español para que tal cantidad de población quieran dejar de formar parte de él.