Yo me refería a hacer la prueba con una sola batería, si con una no hace nada mejor, asi descartas que una de las bahías no esté bien conectada por dentro. Por lo que dices en serie si te descarga las dos baterías de igual forma, quiero entender. Si en serie te las descarga igual está claro que es un problema del modo paralelo y el único sitio dónde puede estar entonces el error es en el switch por lo tanto vas a tener que tirar de garantía y llevarlo a la tienda. De todas formas no estaría mal comprobar el voltaje en los dos modos, aunque esté bien o esté mal, vas a tener que llevarlo a la tienda.
De las baterías puede ser,es posible, yo he comprado pares de VTC6 que una las 4 semanas empezaron a salirle manchas por todas partes y la otra nada, usadas las dos en electrónico siempre, de hecho en el Dotbox 200.